1、剖腹产对新生儿有一定影响。剖腹产新生儿免疫能力相对低下，相比于经产道分娩的宝宝其体内免疫因子含量要偏低，所以剖腹产容易使感染的几率增加，易患一些感染性疾病，这对出生后新生儿健康发育会有一定不良影响。
2、剖腹产还会诱发一些肺部疾病问题，因为剖腹产新生儿没有经过产道内挤压，则不利于肺泡和支气管、气管内的液体通过挤压排出，所以剖腹产新生儿容易患有吸入性肺炎。而且肺功能在初期不如顺产胎儿强大。
3、剖腹产新生儿患有肠道疾病概率相对较高，而造成此原因主要是剖腹产妇产女性常会出现暂时母乳分泌不足，这会导致母乳喂养率低。若后期奶粉喂养不当，就极容易造成消化功能紊乱，易出现小儿腹泻、便秘等不良症状。
4、剖腹产新生儿还常会出现一些过敏问题。因为剖腹产手术整个过程均处于无菌操作中，这不利于新生儿机体内正常菌群的建立，从而不能发挥较好的免疫调节功能，所以出生后会使患过敏性疾病几率增加，易出现湿疹、过敏性鼻炎或过敏性哮喘等不同过敏症状。