过滤系统在鱼缸中扮演着重要的角色
再美的环境，放任不管，也会产生垃圾，而一个完整的生态环境，也需要分解者的存在才能维持正常的运作，就像对于鱼缸水质来说，毒素、排泄物每时每刻都在聚集，而过滤系统，就扮演着一个保洁员的角色。
过滤系统一般分为机械过滤和生化过滤。机械过滤通过物理的方式去除水体中的杂质颗粒，而生化过滤是利用生物物种来分解物理过滤所残留的细小杂质，将有害物质转换还原为有益物质。
一、机械过滤：清除排泄物和杂物
鱼缸的过滤系统包括很多类别，其中机械过滤可以过滤掉水中的排泄物和其他杂物，使鱼缸变得清澈明亮。机械过滤的滤材是具有较密孔隙的过滤棉、羊毛毡、砂石等，最常见的是过滤棉。活性炭也是一种常用的过滤材料，具有吸附金属离子、脱色、除臭的功能，但它使用一段时间后会失去作用，需要定期更换。
净水剂、稳定剂等也是机械过滤的组成部分。时间久了，水中难免产生微型有害物质，这些有害物质有的以离子状态存在，有的则以化合物的形态存在。净水剂和稳定剂可以中和掉有害物质，或者让它们形成沉淀，凝结成颗粒后被过滤掉。
弊端：降低鱼儿抵抗力
机械式过滤的水质保持时间不长，而且需要经常换水。毕竟再细密的过滤材料也不可能完全清除水中的异物。所以必须按照“三天小换水，七天大换水”的办法动手清洁鱼缸。过滤材料也需要定时更换。另外，机械过滤会杀灭水中的菌体，营造一个与自然界迥异的无菌环境，时间长了会使鱼儿们的抵抗力下降。
二、生化过滤：培养有益菌
生化过滤是以培养硝化菌来转化水体和鱼的排泄物中的有害物质。具体说来，亚硝化细菌将氨分解成亚硝酸盐，然后，亚硝化细菌将亚硝酸盐分解成毒害较小的硝酸盐，有些硝酸盐会分解为氮气从水中挥发出来。
这些细菌是有益无害的，我们称其为有益菌。这与酸奶中的有益菌对人体消化系统的作用是相同的。有益菌可以自己生长，也可以购买商品有益菌添加。
弊端：成本高，收效慢
生化过滤会营造一种和自然界相同的有菌环境，促进水体生态系统的完善。虽然“够天然”，可生化过滤成本高，收效慢。
开始时需要不断往水里添加活性硝化菌，但不能经常换水，一周一次就够了，每次换 1/3。采用生化过滤的鱼缸应该以饲养小鱼为主，数量也不宜太多。
硝化菌繁殖速度很慢，而且对氧气的消耗也非常大，所以主人必须在鱼儿之外考虑硝化菌的“呼吸问题”，需要有好的供氧设备。硝化菌适合生存温度是 25℃左右。
三、鱼缸清道夫
鱼缸“清道夫”原产地是拉丁美洲，属于鲶鱼科，生物学分类与异型相同，也有称之为“国王异型”的。头部扁平，背鳍很高，体长最长可达 40厘米。颜色多为黑色，或者根据环境有所变化，褐底黑斑的也有，黄色的很常见。根据体长市场售价从一元到几十元不等，是许多大型鱼水族箱中必不可少的一种工具鱼。
清道夫的食性很强，如果你的鱼缸里有水草，它们也会把水草叶子啃得千疮百孔。除非是饿得没办法，它们是绝对不会对其他鱼儿的粪便感兴趣的，但清道夫本身也会排除大量的粪便，给鱼缸表面造成污染。
为了鱼缸的生态多样性，养少许清道夫是可以的，但如果想让清道夫替代过滤器，养一些大型的清道夫，则往往适得其反。另外，“清道夫”和某些小型鱼是不可混养的，一方面它很可能会把小鱼当做食物，时不时的啃食一下，造成小鱼受伤，例如七彩，有时清道夫会去啃食七彩身上的粘液。
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