首先，治疗的时候要根据小孩不同的体质特点采用不同的药物。如平素见咽红、便干、口臭等症状，属实证体质的小孩，宜服用银花、连翘、大青叶等以清热解毒;平素易感冒，常见多汗、大便不成形等症状，属虚证体质的小孩，可服用薏苡仁、葛根等以运脾清热。
1、普通型(心脾积热)：发热，无汗，手足口出现疱疹，其中口舌疱疹色红，疼痛剧烈，患儿流涎较多，纳差，不能进食，大便秘结，舌质红，苔黄腻。
中医治法：清热解毒化湿
药物：
大黄3克，黄芩6克，黄连3克，五倍子6克，薄荷6克，水煎50毫升，分2次服。
2、普通型(湿热交阻)：发热，无汗，手足口出现疱疹，口舌疱疹色暗红，疼痛不剧，腹胀，纳差，大便正常或稍溏，舌暗红，苔白腻或稍黄腻。
中医治法：辛开苦降，清热化湿解毒
药物：生甘草10克，半夏6克，黄芩6克，黄连2克，干姜3克，柴胡10克，藿香6克，水煎50毫升，分2次服。
3、重型(中枢神经系统感染)：发热、皮疹，高热，无汗，烦躁，嗜睡，烦躁，易惊，或伴肢体痿软、瘫痪，舌红，苔白腻或黄腻。
中医治法：清热化湿，镇肝熄风
药物：
大黄3克，生石膏20克，寒水石10克，滑石10克(包煎)，赤石脂10克，白石脂10克，紫石英10克，生牡蛎10克，生龙骨10克，干姜3克，桂枝6克，甘草3克，水煎50毫升，分2次服。
当然，最好的治疗方法就是预防了。在日常饮食中，可用板蓝根或金银花、蒲公英等清热解毒的中药煎水，给小孩服用预防感染。对于口里长疱疹、有溃疡、口气臭的孩子，可用藿香、生石膏、防风、淡竹叶煎水饮用，可清心火;选用西瓜霜或冰硼散、珠黄散一种，吹敷口腔患处，每日2次，可治疗口咽部疱疹。如果孩子手足出现疱疹，则可采用外洗法，用野菊花、紫草、地肤子、苦参等煮沸，冷却至适中温度时浸泡手足，以起到清热、化湿、凉血的作用。
另外，在日常生活中，我们要做好下面的家庭预防措施：
1、饭前便后、外出后要用肥皂或洗手液等给儿童洗手，不要让儿童喝生水、吃生冷食物，避免接触患病儿童;
2、看护人接触儿童前、替幼童更换尿布、处理粪便后均要洗手，并妥善处理污物;
3、婴幼儿使用的奶瓶、奶嘴使用前后应充分清洗;
4、本病流行期间不宜带儿童到人群聚集、空气流通差的公共场所，注意保持家庭环境卫生，居室要经常通风，勤晒衣被。