发病因素不同
痢疾主要是因为痢疾杆菌感染引起的，这种致病菌具有较强的特异性，患者身体免疫功能下降或者是暴饮暴食时，就会导致身体免疫功能下降，容易受到细菌的侵犯。轮状病毒性肠炎，主要是身体内感染了轮状病毒导致的急性传染性疾病。
病变部位不同
虽然轮状病毒性肠炎和痢疾都有腹痛和腹泻的症状，但是痢疾的主要病变部位在大肠，所以腹痛的症状更加明显，会有拉了还想拉的感觉。而轮状病毒性肠炎的病变部位在小肠，腹痛的感觉也不是很明显，大部分腹痛会在腹泻后有所减轻。
发病期症状不同
轮状病性肠炎的潜伏期一般在2~3天左右，一旦过了潜伏期，会出现急性腹泻，一天的排便次数超过5次以上，严重的患者还会出现发热，体温在39度左右。关于细菌性痢疾的症状，潜伏期较长，根据类型不同可分为急性和慢性的，在急性发作期时不仅会出现腹泻的症状，还会出现食欲下降、恶心呕吐等不良反应。
治疗方法不同
轮状病毒性肠炎属于一种自限性疾病，一般在3~8日就可自行恢复。目前临床上没有特殊的治疗方法，主要是根据腹泻的症状来对症治疗。而痢疾的治疗有对应的抗菌药，治疗的方法也比较多，中医，西医等均有治疗痢疾的有效方法，治愈率也比较高。
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