从病理学上，慢性咽炎可分为以下5类：
慢性单纯性咽炎
慢性单纯性咽炎：此种类型较常见，表现为咽部黏膜慢性充血。病变主要集中在咽部黏膜层，其血管周围有较多淋巴组织浸润，也可见白细胞及浆细胞浸润。黏膜及黏膜下结缔组织增生，可伴有黏液腺肥大，腺体分泌功能亢进，黏液分泌增多且较粘稠。
慢性肥厚性咽炎
慢性肥厚性咽炎：又称慢性颗粒性咽炎及咽侧炎，慢性单纯性咽炎迁延不愈可形成慢性肥厚性咽炎，此种类型在临床中也很常见。咽部黏膜层充血增厚，黏膜及黏膜下有广泛的结缔组织及淋巴组织增生，在黏液腺周围的淋巴组织增生突起，表现咽后壁多个颗粒状淋巴滤泡，可呈慢性充血状，亦可多个淋巴滤泡融合为一体。黏液腺内的炎性渗出物可被封闭其中，在淋巴颗粒隆起的顶部形成囊状白点，破溃时可见黄白色渗出物。此型慢性咽炎常累及咽侧索淋巴组织，使其增生肥厚，呈条索状。
萎缩性及干燥性咽炎
萎缩性及干燥性咽炎：临床中较少见。发病初期黏液腺分泌减少，分泌物稠厚而干燥。继因黏膜下层慢性炎症，逐渐发生机化及收缩，压迫腺体与血管，使腺体分泌减少和营养障碍，致使黏膜及黏膜下层逐渐萎缩变薄。咽后壁上可有干痂或脓痂附着，通常伴有臭味。
慢性过敏性咽炎
慢性过敏性咽炎：又称慢性变应性咽炎。为发生于咽部黏膜的由IgE介导的I型变态反应。变应原刺激咽部黏膜，使合成IgM的浆细胞转化为合成IgE的浆细胞，IgE又附着于肥大细胞、嗜碱性粒细胞表面，使咽部黏膜处于致敏状态。当相同的变应原再次接触机体后，变应原与介质细胞表面的IgE结合，导致介质细胞脱颗粒，释放包括组胺、合成前列腺素等多种炎性介质，可引起毛细血管扩张、血管通透性增加、腺体分泌增多，引起过敏反应。而食物性过敏原主要通过补体C3、C4途径引起过敏反应。慢性过敏性咽炎多伴发于全身变应性疾病或变应性鼻炎，亦可单独发病。季节性慢性过敏性咽炎，其症状可有季节性变化。如对食物过敏，可在进食致敏性食物后出现慢性咽炎的相关症状。
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