孕期乱用药
胎儿室间隔缺损是心脏发育缺陷的一种表现，而胎儿心脏发育一般在胎龄42天内完成的，这期间若是孕妇服用某些药物，有可能影响胎儿心脏血管发育，导致心脏某一部分结构发育不全或缺陷。
孕期感染
在胎儿心脏形成期间，若孕妇受到感染，比如患严重病毒性感染时，特别是患风疹、腮腺炎、流行性感冒以及柯萨奇病毒感染后，出生的新生儿患先天性心脏病的发病率比较高，这样的胎儿有可能出现室间隔缺损的心脏问题。
营养缺乏
孕早期胎儿发育期间，孕妇出现营养或维生素缺乏，也会影响胎儿的心脏发育，出现室间隔缺损的问题。
其他
母亲在妊娠期间接触大量的X射线或使用某些药物、患慢性疾病、缺氧、母亲高龄妊娠、流产保胎和多胎等，也都有可能引起孩子室间隔缺损。
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