1、药物治疗
小型缺损者无须治疗。然而，在进行可能导致短暂菌血症如牙科或其他创伤性治疗以前，为避免细菌性心内膜炎的发生，需事先用抗生素预防。有中至大型左向右分流，产生心力衰竭的婴儿，当可能出现缺损部分或完全自然关闭时，也可最初以药物治疗：
（1）利尿药
降低心脏负荷和体循环静脉的充血状况。螺内酯（安体舒通）有保钾作用。同时使用呋塞米和螺内酯（安体舒通），无须额外补钾。
（2）地高辛
但在小婴儿最初出现负荷加重时一般不用。
（3）血管扩张药
如依那普利和卡托普利能有效降低体循环的超负荷状况。在长期使用这些药的过程中，应定期检测血电解质、地高辛水平、肾功能情况。当药物治疗无效，则表明需尽早实施手术治疗。
2、外科治
（1）手术指征
对于不伴其他畸形的单纯室间隔缺损，药物不能控制心力衰竭；有大的左向右分流，出现活动受限、反应差的；肺高压反复肺部感染者。若肺：主动脉血流量大于2，说明至少存在中型缺损，需要行手术关闭缺口；该比值不到2：1，不会出现肺动脉高压，一般先以药物治疗，1～2岁后复查心导管了解左向右分流量的变化及肺血管阻力；如果5～6岁小儿肺动脉压力仍持续高于主动脉50%，为减少肺血管疾病的发生，也需要进行手术。大多数病人在3～12个月时做手术，在这年龄阶段行室间隔缺损修补术，肺动脉压力可恢复正常。在心血管治疗中心，现在行手术修补室间隔缺损的婴儿病死率接近于0。
（2）术后早期并发症
心室功能不良引起的心脏低位流出道综合征，完全性传导阻滞，肺动脉高压危象。
早产儿的这种心脏室内间隔缺损疾病就能用这些方法来治疗，首先要给孩子服用利尿剂，这样可以帮助孩子排尿，然后控制孩子的血管异常，要主动给孩子扩张血管，当孩子的身体无异常了，肾功能也没有什么障碍的情况下再考虑个孩子做手术治疗。
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