乙脑病毒在自然界传播基本环节已经明确，但流行规律还未充分认识。有的认为本病的流行有周期性，每隔若干年出现一次大的或较大的流行，但也未能观察到类似的规律性。
（1）流行地区：本病流行地区广泛，北自日本北海道、前苏联的远东地区，南至印度尼西亚、爪哇，东迄马里亚纳群岛，西至印度、斯里兰卡等地均有乙脑流行。我国为温带及亚热带地区，除东北、西北的边远地区及高原地区外均有本病发生或不同程度流行，但发病农村高于城市，山区高于沿海地区。
（2）流行季节：在热带地区，蚊虫一年四季繁殖，故全年有散发病例。亚热带和温带地区有严格季节性，绝大多数病例集中在7、8、9月，约占全年发病数的80%～90%，而在冬春季节几无病例发生，其原因主要是蚊虫繁殖，病毒在蚊体内发育以及蚊虫吸血活动强度受气温、雨量等自然条件的影响。温度在25摄氏度以上，雨量适宜，始有流行。
（3）发病年龄结构变化：以往发病以10岁以下儿童为主，约占患者总数80%以上，这是由于成人大多为隐性感染已获稳固免疫力之故。近年来发病的年龄结构有从儿童转向成年到老年的趋势，成年人或老年人的发病相对有所增加，且病死率也高。这可能与儿童普遍接受预防接种有关，但全国总的发病率有较大幅度的下降，改变了过去流行的发病模式。
（4）发病形式：因隐性感染多，临床发病者少，故呈高度散发性，同一家庭同时有两个患者少见。显性感染与隐性感染之比为1：300至1：1000。
（5）传播环节复杂：自然界本病的传染源普遍存在，传播媒介众多，动物间传播流行较普遍，使本病持续在人间流行。
（6）流行规律及预测：乙脑病毒在自然界传播基本环节已经明确，但流行规律还未充分认识。有的认为本病的流行有周期性，每隔若干年出现一次大的或较大的流行，但也未能观察到类似的规律性。我国有人对1945～1956年自然界分离到的66株乙脑病毒进行抗原性比较，没有发现较大的变异。
因此，初步看来乙脑的流行不是由于抗原变异引起，目前看来，引起大流行的因素是多方面的，但归纳起来有三个因素是比较重要的：
1易感人群的增加。
2气象因素，降雨量，气温对传播媒介的繁殖和活动有着直接的影响，而且对蚊体内病毒的感染力也有较大的影响，当温度在18～20摄氏度时蚊子的感染实验21次只有3次成功，当温度上升至26～30摄氏度时20次感染实验就有17次成功。
3猪自然感染时间的早晚和感染率的高低与乙脑流行有密切关系。
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