本病的潜伏期一般为1～3日（数小时至4天）。临床上可有急起高热，全身症状较重而呼吸道症状并不严重，表现为畏寒、发热、头痛、乏力、全身酸痛等。体温可达39～40oC，一般持续2～3天后渐退。全身症状逐渐好转，但鼻塞、流涕、咽痛、干咳等上呼吸道症状较显著，少数患者可有鼻衄、食欲不振、恶心、便秘或腹泻等轻度胃肠道症状。
体检病人呈急病容，面颊潮红，眼结膜轻度充血和眼球压痛，咽充血，口腔粘膜可有疱疹，肺部听诊仅有粗糙呼吸，偶闻胸膜摩擦音。症状消失后，仍感软弱无力，精神较差，体力恢复缓慢。
（一）肺部并发症可有以下三种类型
1.原发性病毒性肺炎本病较少见，是1918～1919年大流行时主要原因。多见于原有心、肺疾患者（特别是风湿性心脏病、二尖瓣狭窄患者）或孕妇。肺部病变以浆液性出血性支气管肺炎为主，有红细胞外渗、纤维渗出物和透明膜形成。临床上有高热持续不退、气急、紫绀、陈咳、咯血等症状，体检发现双肺呼吸音低，满布哮鸣音，但无实变体征。病程可长达3～4周，血白细胞计数低，中性粒细胞减少。X线检查双侧肺部呈散在性絮状阴影。患者可因心力衰竭或周围循环衰竭而死亡。痰与血培养均无效，病死率较高。
2.继发性细菌性肺炎以单纯型流感起病，2～4日后病情加重，加度增高并有寒战，全身中毒症状明显，咳嗽增剧，咳脓痰，伴有胸痛。体检可见患者呼吸困难，紫绀，肺部满布罗音，有实变或局灶性肺炎征。白细胞和中性粒细胞显著增高，流感病毒不易分离，但在痰液中能找到致病菌，以金黄色葡萄球菌、肺炎球菌和嗜血杆菌为多见。
3.病毒与细菌混合性肺炎流感病毒与细菌性肺炎同时并存，起病急，高热持续不退，病情较重，可呈支气管肺炎或大叶性肺炎，除流感抗体上升外，也可找到病原菌。
（二）肺外并发症
1.Reye"s综合征系甲型和乙型流感的肝脏、神经系统并发症，也可见于带状疱疹病毒感染。本病限于2～16岁的儿童，因与流感有关，可呈暴发流行。临床上在急性呼吸道感染退数日后出现恶心、呕吐、继而嗜睡、昏迷、惊厥等神经系统症状，有肝肿大，但无黄疸，脑脊液检查正常，无脑炎征，血氨增高，肝功能轻度损害，病理变化脑部仅有脑水肿和缺氧性神经细胞退行性变，肝细胞有脂肪浸润。病因不明，近年来认为与服用阿司匹林有关。
2.中毒性休克综合征多在流感后出现，伴有呼吸衰竭，胸片可显示成人呼吸窘迫综合征，但肺炎病变不明显。血液中可有流感抗体上升，气管分泌物可找到致病菌，以金黄色葡萄球菌为多见。
3.横纹肌肌溶（Rhabdomyolysis）系局部或全身骨骼肌坏死，表现为肌痛和肌弱，血清肌酸磷酸酶升高（creatinephosphokinase）和电解质混乱，可有急性肾功能衰竭。